Navegar en kayak en San Blas se puede realizar durante todo el año, la temperatura media ambiental es de 27 grados, el mismo valor que la de sus aguas. Tenemos que tener en cuenta que al estar en una zona sub-tropical, aquí no existen las estaciones del año tal como las conocemos nosotros, en San Blas el ciclo meteorológico se divide en estación seca y estación húmeda. La estación seca , va de Diciembre a Abril, las precipitaciones son casi nulas y de muy poca cantidad, en cambio en estas fechas es cuando el viento hace acto de presencia, este suele ser continuado y de una intensidad destacable para la navegación en kayak. Si optamos por navegar en kayak durante estas fechas, tenemos que elegir recorrer las islas que están protegi das del viento de norte por las barreras de coral. El sol cae con fuerza, pero durante la navegación, la temperatura será muy agradable por la brisa continuada que sopla. La estación húmeda , de Mayo a Noviembre, suele llover
Navegando en kayak las islas de San Blas - Panamá